La Agencia Tributaria ha aclarado en una reciente consulta vinculante (V2473-24) que cuando se reciben pagos anticipados, la factura debe emitirse en el momento en que se reciba dicho pago (total o parcial), ya que es en ese instante cuando se genera la obligación fiscal del IVA (devengo).

Si en tu negocio recibes pagos anticipados por ventas o servicios futuros, es importante tener claro en qué momento se debe emitirse la factura correspondiente con IVA.
Si el cliente es un particular: la factura deberá emitirse justo en el momento del cobro anticipado.
Si es empresario o profesional: podrás emitir la factura hasta el día 16 del mes siguiente al cobro anticipado.
Además, en estas facturas deberás indicar claramente:
La fecha de expedición de la factura.
La fecha en que se recibió el pago anticipado (cuando sea distinta a la de emisión).